Fundado el 31 diciembre de 1888 por el ingeniero cubano francisco javier cisneros, quien inició la construcción del muelle, dando paso al terminal marítimo más extenso e importante de colombia en las primeras cuatro decadas del siglo xx.
La población acató el nombre por sugerencia de cisneros quien propuso que se llamara " puerto nuñez ", pero el mismo presidente rafael reyes consideró que se llamara " puerto cisneros " . Ante esta situación el ingeniero decidio colocarle " puerto colombia " quedando así desde el dia 15 de junio de 1893. fue corregimiento hasta el 24 de junio, cuando se elevó a distrito  ( municipio ) por decreto n. 488 del 26 de abril 1906 firmado por el presidente y su ministro de gobierno.
Puerto colombia tiene una temperatura de 28. c  y está a 5 m.s.n.m, posee diversas cienagas y esta rodeado por varias colinas.
Su economía se basa en agricultura, ganaderia, y pesca. El turismo se puede apreciar con los diversos lugares historicos como el castillo de salgar, el muelle, la estación de ferrocarril.